Летом 1941 г. летчикам 118-го ОРАП пришлось скрестить оружие и с таким серьезным противником, как эсминцы немецкой 6-й флотилии, осуществлявшие набеговые операции на советские прибрежные коммуникации. 13 июля гидросамолеты совершили 29 вылетов на поиск кораблей противника, атаковавших конвой и потопивших в районе Териберской губы сторожевик «Пассат» и спасательное судно РТ-67. Уже в первом вылете пара МБР-2 обнаружила немецкие корабли и сбросила на них бомбы. По докладу летчиков, восемь ФАБ-100 упали с перелетом в 10-20 м впереди головного эсминца Z10 «Hans Lody». Корабельные зенитки вели интенсивный огонь, и ведущий МБР-2 (бортовой №10), пилотируемый командиром 2-й эскадрильи к-ном В.М.Сечкиным, получил прямое попадание за вторым реданом. Были перебиты тросы управления рулем высоты, деформирована правая часть стабилизатора. Всего в результате обстрела самолет получил 49 осколочных пробоин. Несмотря на серьезнейшее повреждение, летчику удалось довести свою искалеченную машину до губы Грязной, однако при посадке летающая лодка разбилась. Экипаж остался цел.
МП-1бис (СССР-ЖЗ), принадлежавший «БАМпроекту», на перекатном шасси
МП-1 бис (СССР-Л2198) из Якутской авиагруппы Восточносибирского управления ГВФ
Самолет МП-1 бис (СССР-Л2553) Дальневосточного управления ГВФ
МП-1 бис на лыжах
МП-1 бис и самолет-амфибия ОСГА И.В.Четверикова
Спустя час после этой атаки еще одна пара МБР-2 засекла продолжавшие отходить на север вражеские корабли, но нанести по ним удар не смогла из-за испортившейся погоды. Другой паре обнаружить противника уже не удалось, но, возвращаясь с боевого задания, авиаторы заметили шлюпку с людьми, спасшимися, вероятно, с РТ-67. Ведущий к-н Г.С.Жа- ров решил приводниться и оказать им помощь, однако при посадке машина наскочила на плававший обломок бревна, получила пробоину и затонула. Экипажу самолета самому пришлось спасаться на резиновой шлюпке, которую позднее подобрал подошедший бот. Кроме того, в тот день МБР-2 вылетали в бухту Гавриловскую для спасения экипажей потопленных кораблей и выбросившегося на берег траулера РТ-32, также входившего в состав разгромленного конвоя.
Следующее столкновение самолетов 118-го полка с немецкими эсминцами произошло 22-24 июля, когда 6-я флотилия проводила очередную набеговую операцию. На сей раз эсминцы были обнаружены сразу после выхода в рейд, в 95 милях к северу от Семи Островов. Пара МБР-2 атаковала их, сбросив восемь ФАБ-100. Немцы поставили дымовую завесу и начали маневрировать, поэтому атака успеха не имела. Не смогли воздушные разведчики и правильно определить курс вражеской группы, которая ушла из-под наблюдения и 24 июля потопила в районе о. Харлов гидрографическое судно «Меридиан». Против эсминцев были брошены самолеты нескольких авиачастей флота, которые совершили 28 вылетов. 16 экипажей (8 МБР-2, 7 СБ, 1 Пе-2) смогли атаковать противника, но удары наносились со значительных высот (летающие лодки – до 2000 м, бомбардировщики – до 4000 м) и причинили кораблям лишь небольшие повреждения, хотя, как часто бывало в таких случаях, по возвращении летчики доложили о потоплении одного эсминца. И все же, действия авиации заставили командира немецкой флотилии отказаться от продолжения похода и вернуться на базу. С советской стороны без потерь не обошлось. В полном составе погиб экипаж командира звена 2-й эскадрильи ст. л-та В.В.Забродина. Еще один МБР-2 из-за поломки мотора совершил вынужденную посадку в 2-3 милях севернее Териберки. Экипаж спасся на резиновой шлюпке и на следующий день прибыл в часть. Самолет через сутки нашли и отбуксировали в губу Грязная.
После неудачной охоты за немецкими кораблями летающие лодки вернулись к своей обычной боевой работе. Летать им приходилось без истребительного прикрытия, и только малочисленность немецкой авиации в Заполярье позволяла тихоходным «амбарчикам>> избегать больших потерь. Чем грозила встреча с «Мессершмиттами», хорошо видно на примере звена МБР-2, которое вело разведку над Баренцевым морем 27 августа и наткнулось на патруль Bf 109. В последовавшем недолгом бою все три гидросамолета были сбиты. Погибли два экипажа. Поэтому закономерно, что уже с октября МБР-2 перешли к боевым вылетам в темное время суток. Как только позволяла погода, они проводили беспокоящие бомбардировки войск противника непосредственно на линии фронта. Этим дело не ограничилось, и в ночь с 5 на 6 декабря летающие лодки атаковали суда в порту Лиинахамари. Прямым попаданием был поврежден пароход «Antje Fritzen» (4330 брт), погибли трое и получили ранения пятеро моряков.
МБР-2 оказался в то время практически единственным самолетом, который в советской морской авиации использовался для противолодочной обороны. Поэтому 49-я эскадрилья, вошедшая в состав Беломорской военной флотилии (БВФ), вместе со звеном МБР-2 из 118-го ОРАП, базировавшегося на Иоканьгской военно-морской базе в бухте Гремыха, стали вести поиск подводных лодок в Белом море и на подходах к нему. 4 сентября пара МБР-2 из 49-й эскадрильи (экипажи л-тов Ю.Х.Грязнова и П.П.Марьянкова) обнаружила к западу от мыса Канин Нос немецкую субмарину в надводном положении. Самолеты пошли в атаку и сбросили бомбы по лодке, которая начала срочное погружение. На поверхности моря образовалось масляное пятно. Пополнив запасы топлива и боекомплект, «амбарчики» отбомбились по нему еще раз. Под удар попала U-752, у которой оказались повреждены топливные цистерны, но она вернулась на базу. Хотя немцы и не понесли потерь в субмаринах, противолодочное патрулирование заставило их несколько снизить активность на подходах к Белому морю. «Главный противолодочный калибр» – глубинные бомбы ПЛАБ-100, гидросамолетам довелось применить не только по чужим, но и по своим. 7 октября 1941 г. пара МБР- 2 по ошибке атаковала подводную лодку С-101, совершавшую переход из Беломорска в Полярный.