Еще на стадии предварительного расследования по второму уголовному делу 5 июля 2005 года заместитель Генерального прокурора Владимир Колесников выступил на телеканалах ОРТ и НТВ с заявлениями о виновности Алексея Пичугина в инкриминированных ему преступлениях.
Также еще на стадии предварительного расследования 11 сентября 2005 года в передаче Андрея Караулова «Момент истины» на канале ТВЦ с заявлениями о виновности Алексея Пичугина в инкриминированных ему преступлениях выступил руководитель следственной группы Ю. А. Буртовой, в связи с чем обвиняемый был вынужден отказаться от рассмотрения дела судом присяжных.
На втором судебном процессе Алексея Пичугина 7 июня 2006 года прокурор Кира Гудим на адресованное ей замечание адвоката Георгия Каганера: «Кира Станиславовна, давайте будем более точно цитировать материалы дела. Все-таки судьба человека решается», – ответила: «Уже решена».
Давление на Мосгорсуд со стороны Верховного Суда РФ
21 февраля 2007 года Верховный Суд РФ отменил приговор Алексею Пичугину от 17 августа 2006 года фактически по жалобе его адвокатов. При этом Верховный Суд РФ указал в своем определении, что Пичугину нужно назначить более строгое (чем 24 года лишения свободы) наказание. Тем самым Верховный Суд РФ нарушил в отношении Пичугина принцип презумпции невиновности.
Давление на суд со стороны высших должностных лиц государства
После ареста Алексея Пичугина и Платона Лебедева, но еще до ареста Михаила Ходорковского, в сентябре 2003 года, Владимир Путин заявил: «Что касается расследования уголовного дела, связанного с компанией “ЮКОС”, – это частный случай», – сказал Путин, отметив, что «компания большая, но не единственная в России». «Никакого пересмотра итогов приватизации не будет, но если были нарушения закона и прокуратура реагирует на это, я не могу воспрепятствовать», – подчеркнул он, отметив, что это находится за рамками его полномочий. По словам Путина, одно из направлений расследования – это возможная причастность отдельных личностей к убийствам в ходе слияния и роста компании. «Как же можно мешать прокуратуре работать на этом направлении», – сказал глава государства.
