Уже в 1946 - 47 годах ряду сельскохозяйственных исследовательских организаций страны было поручено разобрать предложения по обеспечению надежного снабжения сельхозпродукцией, повышению урожайности земледелия и продуктивности животноводства, а также по материальному стимулированию роста производительности труда в сельском хозяйстве Советского Союза. В конце 1946 года была создана межведомственная комиссия по выполнению данного поручения, руководили которой академики Лысенко и Немчинов.
Вышеупомянутая комиссия существовала до 1954 года: в том году, согласно решениям пленума ЦК КПСС (март) ее работа была признана неудовлетворительной. И прежде всего - за отрицательное отношение к инициативе Хрущева и "хрущевцев" по скорейшему освоению целинных земель и "смещению" приоритета агрополитики правительства и ведомств на восток страны. Данную идею Хрущев и "преданные" ему ученые (Шмальгаузен, Завадовский, Жуковский и др.) выдвинули еще на закрытом пленуме ЦК КПСС в июне 1953 г., но получили отпор со стороны Молотова, Маленкова, Ворошилова, Андреева, которому непосредственно подчинялась комиссия Лысенко-Немчинова), и многих ученых-аграрников. Но в лету 1954 г. Хрущев и его единомышленники сумели укрепить свои позиции в руководстве партии и страны.
Но во второй половине 1940-х в начале 1950-х годов вышеназванная комиссия предоставила в ЦК КПСС и Совмин Союза, а также лично Сталину несколько подробных докладов и рекомендаций, в соответствии с упомянутым выше поручением ЦК и правительства (1946-47 гг.). Материалы комиссии после обсуждений в ЦК партии и Совмине явились основой сельскохозяйственной политики сталинского руководства.
"Целинный вопрос" тоже был изучен комиссией, поскольку некоторые ученые в 1949-51 годах буквально "бомбили" письмами Лысенко, Немчинова и Андреева, лоббируя идею экстенсивного развития сельского хозяйства страны - освоения новых земель прежними агротехническими методами, с "помощью" массового использования химических удобрений и передела региональных структур площадей и землеиспользования.
В документах комиссии отмечается, что распашка под пшеницу примерно 40 млн. гектаров целинных земель, существенно отличающихся по своим свойствам и требуемым методам обработки от сельхозугодий других районов СССР, приведет к постепенной и практической не поддающейся предотвращению деградации этих земель, к негативным изменениям экологической ситуации в обширном регионе страны и, соответственно, к резкому увеличению затрат по поддержанию плодородия целинных почв. Подчеркивалось, что временный эффект, который выразится в больших урожаях на целине, не превысит 2-3 года. Затем с помощью химических средств и увеличения объемов искусственного орошения можно будет добиваться лишь поддерживания уровня урожайности (т.е. уровня предыдущих 2-3 лет), но никак не дальнейшего ее роста.
Ввиду особенностей почвы и климата в целинных районах урожайность там, как отмечалось комиссией Лысенко-Немчинова, будет в 2-3 раза ниже урожайности в традиционных сельхозрайонах СССР (Украина, Молдавия, Северный Кавказ, Центрально-Черноземный регион, ряд районов Поволжья). Искусственное же наращивание ее за счет химикатов и орошения приведет к неустранимому загрязнению и засолению почв, а значит - к быстрому распространению эрозии, в том числе на естественные водоемы в "целинном" регионе. Такая тенденция предопределит, в частности, ликвидацию животноводства как сельхозотрасли в регионе от Волги до Алтая. В первые 5-6 лет запасы плодородного слоя почвы, гумуса, на целинных землях сократятся на 10-15 %, а в дальнейшем этот показатель составит 25 - 35 % в сравнении с "доцелинным" уровнем.
Для искусственного орошения могут потребоваться многокилометровые отводы от Волги, Урала, Иртыша, Оби и, возможно, Арала и Каспия (с предварительным обессоливанием воды этих артерий). Это может привести к негативным изменениям в водохозяйственном балансе многих регионов страны и резко ухудшит водообеспечение сельского хозяйства этих регионов. А снижение уровня Волги, Урала и других водных артерий и водоемов отрицательно скажется на всех отраслях экономики регионов, примыкающих к целинным землям, особенно на рыбном хозяйстве, судоходстве и электроэнергетике.
Если же стремиться к увеличению урожайности зерна на целинных землях в условиях деградации целинных почв и роста дефицита воды, то, наряду с постоянным наращиванием объемов химизации почвы, придется целиком переориентировать нижнее и, частично, среднее течение рек Иртыш, Волга, Урал, Амударья, Сырдарья и Обь на северный Казахстан и примыкающие к нему районы. Следовательно, придется со временем изменить русла и течение вышеназванных рек. Практически же северная часть Каспия и Арал будут обречены на высыхание, а последствия "преобразования" природы в Сибири, на Урале, в Казахстане и других целинных районах непредсказуемы и неустранимы.
В документах комиссии Лысенко-Немчинова отмечалось также, что совокупность вышеупомянутых последствий приведет через 7-10 лет к "наступлению" эрозии и деградированных земель в соседние с целиной регионы, в первую очередь - в Поволжье, на Северный Кавказ и Центрально-Черноземные области. Затраты же на предотвращение данной тенденции будут соответствовать примерно троекратному увеличению объемов капиталовложений, направляемых в сельское хозяйство в течение 4-ой пятилетки (1946 -1950 гг.).