Первый ответный удар Попов нанес, впервые за последние четыре года выступив на чемпионате страны 2000 года – главном отборочном турнире к Олимпийским играм. Попросив организовать в бассейне спорткомплекса «Олимпийский» дополнительный заплыв, он установил на самой короткой в плавании дистанции мировой рекорд – 21,64!
Потом был чемпионат Европы-2000 в Хельсинки, где Попов дважды опережал Хугенбанда на дистанциях 100 и 50 метров. Александр вновь почувствовал скорость: «Если бы почувствовал, что не способен на Олимпиаде составить Хугенбанду, Майклу Климу и другим реальную конкуренцию, придумал бы какую-нибудь отговорку, чтобы вообще не стартовать – и не позориться».
Потеря сиднейского золота на 100-метровой дистанции стала для пловца сильнейшем ударом. Он держался из последних сил, чтобы не показать свое разочарование. Однако уже на следующий день Попов заметил: «Я должен радоваться своей серебряной медали. Ни одна из предыдущих золотых не давалась столь тяжело». На дистанции 50 метров Александр остался за чертой призеров. По окончании соревнований Попов сообщил журналистам, что намерен плавать еще как минимум два года.
Чемпионат Европы 2002 года в Германии принес Попову и радости и огорчения. Сначала на дистанции 100 метров Александр завоевал серебро, уступив лишь тому же Хугенбанду. А вот на дистанции вдвое короче, которую и планировал выиграть российский пловец, случилась неудача. Увлекшись борьбой между собой, Попов и Хугенбанд остались без медалей.
Но что его рано списывать со счетов, Попов доказал, выступая на последнем этапе комбинированной эстафеты. Благодаря фантастической скорости Александра Россия стала первой. Снова Попов удивил и болельщиков, и специалистов по плаванию.